允许在门诊进行药物流产的仅限于怀孕49天内的妇女，此时子宫内有两种妊娠组织，一种是胎囊，将来胎儿在这里长出；另一种是蜕膜。药物流产的目的就是阻止胎囊在宫腔中继续生长发育，并通过子宫收缩将其排出体外。药物流产过程中如果见到胎囊排出，就可以认为堕胎基本完成。但是，由于附着在子宫内壁上的蜕膜还没有完全随胎囊排出，因此子宫的收缩受到影响，出血不会马上停止。一般地，药物流产胎囊排出后的出血天数平均为18天，引起出血时间长的原因可能是蜕膜剥脱不完全，影响子宫收缩止血；或是胎囊排出不完整，导致不全流产；少数病人为药物流产术后感染，出现子宫内膜炎症所引起。
　　按规定，胎囊排出两周以后应该到所在药物流产单位进行复诊。此时如果出血仍未停止，需要进行尿妊娩化验及B超检查，诊断为不全流产者就应该做清宫术，术后阴道出血10天内会停止。值得注意的是，药物流产的妇女有时会突然出现出血明显增多，可能是月经量的几倍，并伴有大血块，这是因为胚胎组织剥脱、排出不畅造成的，此时需要立即去医院就诊，行清宫术以止血。
　　由于药物流产出血时间较长，宫颈口松驰，会给细菌的滋生及逆行感染提供机会。因此，如果阴道出血超过7天，应该常规服用抗生素3～5天预防感染。药物流产后的阴道出血经常出现时有时无的现象，患者不要因为阴道没有出血就认为可以游泳，进行性生活，这是不对的。无论是药物流产还是人工流产手术，游泳、性生活都应该在来过一次月经后再进行。否则，都有可能导致盆腔炎症的发生。治疗要给予足量的抗生素，并服用益母草膏或生化汤，促进未排出的胚胎组织尽快排出。炎症控制后如果B超检查证实宫腔内仍有残留组织，可以行清宫术，术后继续抗炎治疗。